取保候审期间停发工资是否合法，需具体情况具体分析。
- 若员工取保候审期间未被追究刑事责任，且用人单位未解除劳动合同，劳动关系仍存续，此时停发工资不合法。
- 若员工已被依法追究刑事责任，用人单位依据《劳动合同法》第三十九条第六项解除劳动合同，自解除之日起停发工资合法。
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处理取保候审期间工资问题，需注意以下特殊情形：
1. 员工经批准正常劳动：若取保候审期间经执行机关批准正常到岗，提供了约定劳动，用人单位不得停发工资，需按正常标准支付。
2. 用人单位有合法制度规定：若单位规章制度对取保候审期间工资发放有明确、合法规定（民主程序制定并公示，内容不违法），且按规定执行（如按最低工资比例发生活费），则合法。
3. 特殊身份员工：国家机关或事业单位工作人员，其工资处理可能适用特殊规定（如《行政机关公务员处分条例》），与普通企业员工不同。
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取保候审期间停发工资的合法性，可依据法律法规判断：
《劳动合同法》第三十九条明确“被依法追究刑事责任的，用人单位可解除劳动合同”；《工资支付暂行规定》第十二条指出：非因劳动者原因停工停产，一个周期内按合同标准支付，超周期提供正常劳动的报酬不低于最低工资，未提供劳动的按国家规定办理。
综上：未被追究刑事责任且未解除劳动合同的，因员工无法正常劳动非自身原因，单位不应停发工资；若被追究刑事责任且解除合同，停发工资合法。
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取保候审期间停发工资可能存在法律风险：
1. 单位以“无法正常工作”拒发工资：若员工因取保候审限制（如未经批准不得离市、县）导致无法按约定提供劳动，单位可能以此为由拒发工资。
2. 员工可能丧失胜诉权：劳动争议仲裁时效为一年，若工资被停发后未在一年内通过仲裁等方式维权，可能因超时效无法追回工资。
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